首先，99版纸币属于第五套人民币其中的一个版别，那么后面就好理解了。在人民币发行历史上，没有某个版别单独退市停止流通的，只有某套人民币或者某套人民币的大部分面值退市，比如第二套人民币除分币（分币作为第三四套人民币辅币继续流通使用）外全部退市，或者第四套除部分角币（1/5角作为第五套人民币辅币继续流通使用）外全部退市。
还一种情况就是类似于现在99版纸币（除99版一元外）只收不付的情况，比如第三套枣红一角，发行不久因路线问题回收不付，再版发行背绿一角，然后因背面图案和两角券类似实际流通使用中容易混淆，所以再次回收，三版发行背紫（或称背棕）一角。但这种情况不是退市停止流通使用，而只是回收或者说只收不付。只收不付和退市是两个概念。
只收不付并不意味着退市或者停止流通使用，而是在银行可以存进去但取不出来，99版纸币在银行是只进不出，市面仍然可以继续流通使用，99版现在的情况就是如此，虽说央行出公告只收不付，但这只是针对各银行而言，不代表99版钱币花不出去了，而这个只收不付的时间是没有截止期限的，可以说在第五套人民币退市公告之前一直都是只收不付。
而退市的意思就是除了银行只收不付，只进不出外，在市面上也停止流通使用，而且银行回存时间是有截止日期的，过了截止日期后，就不可以再回存到各银行了。也就是说退市以后就不再具有票面上面值所代表的购买力了。而只收不付的钱币，还是可以按面值具有购买力。简单说，如99版100元，在只收不付的情况下，还能买到05/15版100元所能买到的物品，它还是法定流通货币，有购买力；而退市以后，99版100元就不能再买到一百元的物品，或者说已经不能购买物品，面值所代表的购买力已经失效，已经不再是法定流通货币，或者说它曾经是法定流通货币。
最后，99版纸币在2018年1月22号央行办公厅下发给央行上海总部、各分行、营业管理部、各省会城市中心支行、深圳中心支行、各国有商业银行、股份制以后、邮政储蓄银行等单位的文件中明确指出:99版100/50/20/10/5元面值自2018年4月1号起，各银行回存5元及以上99版纸币不再对外付出，一律作为残损币单独交存央行发行库。
而退市应该还是遥遥无期的，毕竟第四套人民币还有1/5角作为第五套人民币在流通使用，而第六套人民币目前还没看到要发行的踪迹，之前发行19版第五套人民币的央行公告里也说了，之所以不发行19版5元，是要把5元这个面值作为新防伪和新技术的实验对象，也就是说，未来数年内在技术条件和外部因素成熟后还会发行新版别第五套人民币，那么结论自然是第五套人民币退市（就算个别面值退市）依然不可预见。
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