下图就是宝石显微镜的样子，与其他类型的显微镜相比，它具有非常好的景深，并且是连续变焦的，因此能够更好的观察到宝石内含物的立体图像，连续变焦的特点能够让我们更好的观察宝石内含物的特征，另外，显微镜的照明方式多种多样，除了常见的㡳光源和顶光源以外，照明方式还包括亮域照明法、暗域照明法、点光源照明法、散射照明法等等，从而让宝石学家能够多方位的观察内含物的特征。
祖母绿的内含物是用来鉴定它的产地、优化处理与合成的最重要的方法之一，不同类型、产地的祖母绿会有不同的内含物特征，下面我们通过图片一一为大家介绍。下图的样品来自马达加斯加，可见平行于底面的多相流体包裹体，由于是定向排列，因此能够引起星光效应，在显微镜下可以观察到包裹体的薄膜干涉现象，呈现多彩的颜色，视域1.8毫米。
下图的样品来自哥伦比亚，内含物为铜黄色的黄铁矿晶体，这类包裹体可以作为哥伦比亚祖母绿产地的鉴定特征之一，视域5.25毫米。下图同样为来自哥伦比亚的样品，内含物为非常罕见的氟碳钙铈矿，是哥伦比亚祖母绿的诊断性特征，视域0.82毫米。下图的样品产自赞比亚，该产地的祖母绿常见下图所示的，由片状的钛铁矿组成的骨架状包裹体，视域1.91毫米。
下图的样品产自津巴布韦，该产地的祖母绿常见密集的透闪石包裹体，视域0.86毫米。下图为水热法合成祖母绿典型的鉴定特征——大头针状包裹体，视域1.42毫米。下图同样为水热法合成祖母绿最典型的鉴定特征——锯齿状的纹理，水热法合成的红蓝宝石也有类似的鉴定特征。下图为助熔剂法合成祖母绿典型的鉴定特征，白色的羽状裂隙中包含的是残余的助溶剂，视域4.75毫米。
那么，这些内含物的具体种类又是如何鉴定的呢？首先，我们在检测宝石的时候需要测试大量的数据，这其中就包括折射率、光谱、多色性、比重，甚至是化学成分分析等，但是宝石的内含物是包裹在宝石内部的，我们除了观察到他们的形态以外，是不可能测试到其他数据的，例如折射率，因此宝石学家们观察到这些内含物的时候，也并不清楚他们到底是什么，只能对他们进行外观上的描述，例如形态、光泽、排布规律等。
下图为祖母绿中常见的三相包裹体，曾经作为哥伦比亚祖母绿的产地鉴定依据。但是有一种仪器叫做拉曼光谱，可以穿透宝石的表面，直接聚焦到宝石的内含物中来测定相应的光谱特征，从而鉴定内含物的种类。下图就是拉曼光谱的样子。下图为某产地绿柱石内的多相包裹体，从外观上来看，我们可以看到四种物质，那么他们到底是什么呢？利用拉曼光谱意义的测定这些物质的光谱，进而可以确定他们具体的种属，例如，通过拉曼光谱测试到那个具有棱角状的固体为方解石。
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