（1）鉴别羊群中那只“披着羊皮的狼”（区别合成宝石）。例：助熔剂法合成祖母绿和天然祖母绿天然祖母绿助熔剂合成祖母绿天然祖母绿透射光谱助熔剂法合成祖母绿透射光谱（2）判断宝石是否经过化妆术的改造——是否优化处理。例：祖母绿的净度优化判断关于祖母绿，我们最常听到的说法莫过于“有油，无油”，这个“油”即为有机物，是用于祖母绿净度改善的常用物质。
通过红外透射中有机物吸收峰的强度可以辅助判断优化程度。祖母绿透射光谱检测到有机物红外线为一种电磁波，也可以将其简单想象成一束光通过祖母绿。对于祖母绿，实验室通常会连续测量多个透射光谱，确保各个方向的充填物都被检测到。同一颗石头不同方向的红外测试（每条红色箭头代表一次测试） 7.2.紫外可见光分光光谱仪（UV-Vis简称紫外）紫外可见光分光光谱仪红外并不能检测到可见光及紫外部分的电磁波。
颜色是我们对于彩色宝石最直观的认知，虽然我们可以直接通过肉眼区分红橙黄绿青蓝紫，但是对于颜色的成因，用肉眼观察是无法实现的。同类宝石，相似的颜色，由于致色元素的不同，宝石的亚种也就不同，价值自然各异。市场上帕拉依巴碧玺容易和普通碧玺混淆，特别是绿色的帕拉依巴和普通的绿色碧玺，颜色十分接近。绿色帕拉依巴普通绿色碧玺那二者的紫外光谱又会是怎样的呢？绿色帕拉依巴紫外普通绿色碧玺紫外通过紫外光谱，我们可以快速地区分二者。
7.3.X射线荧光光谱仪（EDXRF）X射线荧光光谱仪紫外可以指示致色元素的种类，EDXRF不仅可以告诉我们元素的种类，还可以告诉我们元素含量的多少。EDXRF的检出限一般为几十到几百个ppm（ppm：百万分之一）。每种天然宝石的元素组成是有其特定规律的，如果忽略了这种规律的客观性，将会出现对宝石的误判。
（1）错误判断宝石处理方式。例：红宝石铅玻璃充填判定在天然红宝石中，Pb（铅）这种元素是几乎检测不到的，但是在铅玻璃充填红宝石中，我们可以检测到几千甚至是几万个ppm的铅。高含量铅的出现为铅玻璃充填红宝石的判定提供了可靠的依据。若无法得到元素的信息，仅靠经验判断充填物的种类，这种结论是无据可循且漏洞百出的。
铅玻璃充填红宝石（2）错误判断宝石产地。例：莫桑比克红宝与缅甸红宝产地判定缅甸红宝石的紫外荧光通常比莫桑比克的较强，究其原因在于Fe和Cr元素含量比值的差别。XRF可以将荧光强弱这种感官的差别量化，通过Fe和Cr元素的具体含量，使产地判断更加科学严谨。莫桑比克（左）与缅甸红宝石（右）在长波紫外光下的荧光特征缅甸红宝石和莫桑比克红宝石Fe元素差别当然XRF可以给我们的信息远不止于此。
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